清晨醒来，她总会收到一束苍空凛送给她的栀子花。然后，苍空凛牵着她的手，带着她在山林里到处游荡。到了晚上，他们回到小溪边，在漫天星斗下，听着潺潺的溪水声，数着在草地上飞舞的萤火虫慢慢地进入梦乡……

那是春果在儿时的一次奇妙的经历，六岁那年她在茂山迷路，邂逅了住在山顶的神奇少年苍空凛，他们度过了一段愉快的时光，两人在樟树“小诺”下许下约定，每年夏天都要在茂山重见。然而自此，苍空凛就像一个梦一般消失了，再也没有出现过……

十年之后，茂山变成了市里的开发区。只剩下山顶一小块当年被苍空凛取名“萤火森林”的树林。而此时苍空凛回到了春果的生活中，转学到了春果所在的萤火中学，共同为保护“萤火森林”并肩战斗。

在两人相处的过程中，春果遇见了有些怪异的生物社黑崎亮学长，也渐渐地感觉到苍空凛给自己的感觉越来越奇怪。而学校里也接连地出现了生物社动物暴乱、“后进生占据前一百名”、鼹鼠破坏学校操场等怪事。“萤火森林”遇到了空前的毁灭危机，这个夏天注定不会平静！“萤火森林”和春果、苍空凛的未来将会如何？请拭目以待……